建売建設予定地で、まだ更地の場合、注文住宅として建てることは可能ですか？

タイミングです。

更地の場合であっても、

基礎工事やプレカット材の発注がされている、

このような場合もあります。

売主に確認しなければなりません。

また売主が注文住宅に対応してくれるかも同様です。

注文住宅、追加工事はどの程度でやっていただけるのでしょうか？

売主により大きく違います。

企画した商品ゆえ建築コストが下げられています。

メーカーや仕様が違うと結構高くなる傾向があります。

窓の形状の変更や身体にやさしい防蟻剤を指定したいと思うのですが‥

窓の形状の変更では大きな追加は発生しません。

アレルギー体質の方で、防蟻剤の変更をお願い、施工した経験はございます。